明朝洪武十六年(1383年)，“普日”改稱為“普耳”。萬歷年間，“普耳”又正式改為“普洱”，明朝廷還在其地設官吏管理普洱茶的貿易。
清順治十六年(1619年)，吳三桂平定云南，將普洱、思茅、普藤、茶山、猛養、猛暖、猛棒、猛葛、整歇、猛萬、上猛烏、下猛烏、整董編為十三個版納，統歸元江府管轄。這一時期普洱茶的生產和銷路較好，據《思茅縣志》載：“順治十八年(1621年)，思茅年加工茶葉十萬擔，經普洱過麗江銷往西藏茶葉三萬馱之多”。雍正二年(1724年)，茶商和工匠大量涌入茶山，達“數十萬”之眾，因而不斷出現事端。雍正七年(1729年)，設普洱府后，即在思茅城內設普洱茶局管理茶葉的種植、加工制作及銷售，并將原思茅城內私營茶商一律趕走，不得經營茶葉生意。
雍正十三年(1735年)，實行“茶引”購茶，茶商復入茶山作茶，主要茶品種為園餅茶，又稱為“園寶茶”，因七餅為一筒出售，又稱“七子餅茶”或“七子園”茶。茶山大量供思茅用茶外，所生產的“園寶茶”經易武銷至緬甸、泰國、香港，再轉南洋及至歐洲、美洲，進入國際茶葉市場。乾隆年間，清廷對普洱府茶業情況進行調查后，將六大茶山所產的普洱茶列為貢品，年解貢茶660擔，貢后方允許民間私商進行交易。康雍乾期間，清政府還在普洱一帶開采銅礦和鹽礦，這對當地商業的發展起到了一定的推動作用，商賈旅人聚集，也帶動了普洱茶市場的進一步發展。尤其是一年一度春末夏初的“花茶市”，南北商人來往如織，城內攤點遍布，店鋪林立，城外帳篷如云。馬幫出入，土特產品及日用生活文化用品的交換日益發展，飲食業和人馬旅店應運而生。普洱天天為街，日日為市，甚至還出現了夜市市場，成為滇南商業活動中心。磨黑、石膏井、勐先、滿磨街等集市亦隨之形成，并日益興隆，據清道光《普洱府志》記載，出現了“蠻民雜居，以茶為市……衣食仰給茶山……夷漢雜居，男女交易，士農樂業，鹽茶通商”的繁榮景象。道光年間，普洱一帶的商業達到了鼎盛，且有行商、坐商和貨郎之分。
道光二十五年(1845年)，隨貢茶和大眾茶的用量日增，茶山年產茶增至十萬擔，運量隨之增大，遂由茶商、士紳出錢，鋪建易武至思茅的茶馬驛道，全長211公里，全為青石板鋪成，避免了道路的泥濘。