關于正山小種紅茶起源的確切時間是沒有記載的。有的認為是18世紀末、19世紀初，有的認為應該更早，眾說不一。研究認為：正山小種出現在16世紀中后期至17世紀初。判斷依據如下：
一是明末（16世紀中后期)武夷山出現茶葉發酵技術；
二是當地原住民關于正山小種紅茶的說法；
三是紅茶是高度海外貿易化的商品；四是國內外關于紅茶外銷年代的記載。他的研究結淪得到多數業內內人士的認同。
“正山小種，國外賣”是原來武夷山的一大怪。首開武夷正山小種紅茶，海上貿易之路的是荷蘭人。1610年武夷正山小種紅茶由荷蘭人輸往歐洲，1640年首次進入英國。真正開始揚名英國，則是在1662年葡萄牙公主凱瑟琳嫁給英國國王查理二世，帶去作為嫁妝的幾箱正山小種紅茶。從此，喝武夷紅茶成了皇室家庭生活的一部分。隨后，安妮女王提倡以茶代酒，把飲用紅茶引入上流社會，武夷紅茶開始在英國上流社會流行。
由于飲茶風日盛，英國東印度公司與荷蘭人在茶葉貿易上水火不容。英國制定航海法，規定外國進口貨物到自己屬地包括美國，只能由英國船只載運，這就導致英荷海戰兩度發生。戰爭以英國的最終勝利宣告結束。從此，國際茶葉貿易改由英國壟斷。1669年英國東印度公司獲得政府授予茶葉專營權。馬克思在《資本論》中說：這個公司“除了在東印度擁有政治統治外，還擁有茶葉貿易、同中國貿易和對歐洲往來貨運的壟斷權。”由于進口茶葉成本昂貴，英國加重征收茶葉賦稅，最高時競達119％，遂有“擲銀三塊，飲茶一盅”之說。
1773年作為英屬殖民地的美國波士頓茶黨，將停泊在港的東印度公司船上的茶葉傾人海中。這件事成了美國獨立戰爭的導火索。但是事隔11年后，獨立了的美國派出第一艘“中國皇后號”快船駛向中國，從此武夷紅茶進入北美市場。有資料顯示，鴉片戰爭前的80年間，僅廣州港就有5100多艘外國商船前來交易。載著從世界各地掠奪來的門銀、黃金，搶購中國的茶葉、瓷器和絲綢。1745年1月11日，瑞典哥德堡號從廣州啟程回國，在距離家鄉大約900米的海面上觸礁沉沒，損失慘重。后來，人們從船上撈起30噸茶葉、80匹絲綢和大量瓷器，哥德堡號在市場上拍賣后竟然足夠支付“哥德堡號”廣州之旅的全部成本，甚至有所獲利。
根據史料計算，武夷紅茶在18世紀末出口最高年份達到60萬擔，加上其他產區的紅茶，最高年份達到165萬擔，每擔大約可售30兩白銀。茶葉貿易給大清帝國帶來巨大的財富。因為要求采用白銀交換，以致外國商船駛往中國裝載的90％都是白銀。當時，世界上80武夷紅茶因“味香醇厚，價格最翔，壓倒群茗”，隨著茶葉出口貿易的不斷增加，各地茶商紛人武夷，使得周邊地區大量仿制武夷紅茶。清王梓《茶說》載：“嶺邑近多裁植，運至星村墟賈售，皆冒充武夷。更有安溪所產，尤為不堪，或品嘗其味不甚貴重者，皆以假亂真誤之也。”為區別外產仿制品與桐木產正品的不同，將桐木產的紅茶稱為“正山小種”。非桐木產的仿制品稱為“外山小種”或“人工小種”、“煙小種”。
所謂“正山”乃真正高山地區所產之意。其涵蓋范圍以廟灣、江墩為中心，北至江西船山石隴，南到武夷山曹敦百葉坪，東至武夷山大安村，西至光澤司前干坑，西南至邵武龍湖觀音坑，方圓600平方公里。大部分在現福建武夷山國家級自然保護區內。該地區“因土壤之宜，品質之美，終未能攘而奪之”。產于政和、福安、屏南、古田、沙要及江西鉛山等地，仿制正山小種工藝生產的紅茶，因質地相對較差，統稱外山小種”或“人工小種”。
坦洋、屏南、政和、沙縣、古田等紅茶的出現，改變了夷紅茶的局面，武夷紅茶名稱在對外銷售中漸漸不再使用，則單獨稱“正山小種”。因正山小種紅茶是經過松材薫焙工藝而成，福州地方口音對松明發le的音，以松材薫央常則發lexun的音，稱產于桐木的正山小種紅茶為lexun小種紅茶。1853年福州港開始出口茶葉，國外便以福州地方口音稱武夷正山小種為lapsang souchong，lapsang即為lexun的諧青。福建師大文學院蘇文普教授研究認為:“立頓紅茶‘立頓’，就是用‘'lexun’的諧音命名的。”至今為止，正山小種出口一直使用lapsang souchong或lapsang souchong或lapsang blacktea名稱。英國大不列顛百科全書稱該名詞出現于1878年。