臺灣的歐少梅教授作了關于普洱茶飲用安全的報告，提出普洱茶要煮著喝，主要是為了衛生和安全。
而普洱茶中存在的菌是有益菌，還是有害菌？是什么條件下才會保證普洱茶中不會產生有害菌？
歐教授說她沒有研究這個問題，劉勤晉教授接過這個問題，他說在他的研究里，至今還沒有發現普洱茶中存在有害菌，都是有益菌。當時歐教授不同意這個觀點，在會上爭論起來。這個問題不僅關系到普洱茶需不需要煮著喝，而且也關系到普洱茶的市場形象。
時到至今，這個問題還是困擾著消費者，大家最關心的還是喝普洱茶安全嗎？在打開主人為我們準備的百年宋聘時，大家除了關心這餅茶的來歷外，也關心餅面上白斑。
劉教授說，他的這方面研究一直沒有停留過，現在還有兩位博士在研究這個問題。普洱茶在后期發酵很復雜，由于普洱茶中的蛋白質含量少，使得有害菌很難生存。我后來也從另外一位專門從事微生物研究的專家那里得到一個說法，在酸性環境下，有害菌很難生存，大多數是有益菌，普洱茶發酵曾弱酸性，因此大多數為有益菌。另外還有一種說法是，茶葉中的多酚類物質會抑制有害菌的生長。
在普洱茶的品質形成過程中，除了濕熱反應、氧化反應外，微生物參與的發酵對品質形成十分重要，在現有的研究中，已經發現的主要微生物有以下幾種：
1、黑曲霉
黑曲霉是一種低等真核生物，作為世界公認的安全可食用性，在工業生產和學術研討中占有重要的地位。作為參與普洱茶品質形成的重要菌種，研究其生命周期極其代謝產物變化有著重要意義。
在普洱茶大生產發酵渥堆過程中，黑曲霉數量始終處于優勢地位，黑曲霉數量始終處于優勢地位，黑曲霉可以生產胞內、胞外兩類霉，有20種左右的水解霉，其中葡萄糖淀粉酶、纖維素酶和果膠酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白質、天然纖維、果膠和非可溶性化合物等有機物。水解產物大多為單糖、氨基酸、水化果膠和可溶性碳水化合物，使茶葉內含有效成分易于滲出、擴散，為增強茶湯的滋味和形成普洱茶干滑、醇厚的品質特色奠定了堅實的物質基礎。所以說，在普洱茶發酵過程中黑曲霉代謝產生的有機酸和酶對普洱茶品質的形成有著重要的作用。并且在普洱茶渥堆過程中黑曲霉始終是以優勢菌群作用于普洱茶。
2、青霉屬
在普洱茶渥堆過程中青霉產生多種酶類及有機酸，同時，產黃青霉代謝產生的青霉素對雜菌、腐敗菌可能有良好的消除和抑制生長作用。因此，我們認為產黃青霉對普洱茶醇和品質的形成有輔助作用。
3、根霉菌
根霉菌的淀粉酶活力較高，能產生有機酸，還產生芳香的酯類物質，但由于分泌果膠酶能力強，普洱茶在渥堆中茶葉軟化也與該霉滋生有關。在渥堆中的每個階段，控制好適當的溫度和濕度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品質的形成。
4、灰綠曲霉
該菌種會使食品腐爛變質。生產中應盡量避免菌群的滋生。經試驗可知，在大生產中出現得較多，而模擬、滅菌渥堆試驗加工的普洱茶中出現的很少，后期消失。因此，控制堆溫、改善制茶環境衛生有利于純正普洱茶品質的形成。酵母屬與普洱茶酵母屬是普洱茶品質形成的重要菌種。
5、酵母菌
在普洱茶渥堆中，由于濕熱作用為酵母菌的代謝活動創造了良好的環境，增強了酶的活性，同時也給茶葉的化學成分變化提供了熱源。加之霉菌能利用各種多糖作為碳源進行糖代謝，并產生大量的多糖和單糖，為酵母提供足夠的營養后迅速繁殖。當提供有利于酵母菌滋生的環境，使其迅速繁殖，加工中茶葉的品質表現為香甜、醇滑的特點。可見，普洱茶甘甜、醇厚品質特點的形成直接與酵母菌消長相關。也就是說，普洱茶所表現出的陳香、醇、甘、滑等品質特點與發酵過程中的優勢菌種是分不開的。
酵母菌在普洱茶品質形成過程中起著重要的作用。如果在普洱茶渥堆過程中數量控制得當，可以增加普洱茶的有效營養物質以及對人體有保健作用的物質，賦予普洱茶區別于其他茶類的有獨特療效的品質特點，而且有利于形成普洱茶甜、醇、香等品質風格。但是，如果控制不當，則會形成辣、刺、叮、麻、掛、鎖、酸等不利的物質，影響和降低普洱茶的品質。所以，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質特點與酵母在普洱茶渥堆中的作用有密切的關系。
6、細菌
細菌與普洱茶在普洱茶渥堆過程中，細菌數目極少，沒有發現致病細菌，這是各種微生物之間拮抗作用的結果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制細菌的生長。同時，國內外研究表明，茶葉中的茶多酚也能抑制對人或動物有致病性的細菌的生長繁殖。
在普洱茶渥堆過程中，除上述幾種微生物外，還有少量和極少量未檢出的微生物。結合普洱茶渥堆過程中主要微生物的消長變化與品質關系的研究結果可知：普洱茶制作過程中微生物的菌種變化是極其復雜的。從不同處理比較分析可知，黑曲霉始終處于優勢地位，酵母菌的總數居次，細菌數目極少，沒有發現有致病細菌。在普洱茶渥堆過程中，這些微生物都對普洱茶的品質形成產生作用。