之前說過，普洱茶的酸味有一小部分來自于鮮葉本身，但是有很大一部分是來自于后期的加工因素。普洱熟茶是經過人工渥堆發酵加工的茶品，人為因素比生茶要大，故而普洱熟茶發酸的幾率比生茶的大。要追溯熟茶發酸的原因，自然就會追溯到熟茶的發酵。
渥堆發酵是現代普洱茶加工過程中普洱茶特定品質形成的關鍵性工序，它是云南大葉種曬青毛茶經人工加水增濕渥堆，黑曲霉、酵母菌等有益微生物種群進行優勢交替生長繁殖，產生外源性多酚氧化酶、糖類水解酶等酶促作用及濕熱作用，使茶多酚、糖類物質等生化成分產生氧化聚合水解系列生化反應，最終形成云南普洱茶的特定品質。
發酵是形成普洱熟茶的關鍵，它的成功與否直接關系到普洱熟茶的品質好壞，當然也會影響到普洱茶是否是發酸。原料比較嫩的熟茶，尤其春茶，在發酵時很難掌握發酵程度和潮水比例，也容易出現發酸的情況。
熟茶的發酵工程量大、周期長，一批熟茶的發酵至少要持續一個半月左右。這段時間里，要在什么時間潮水、什么時候翻堆等，都靠發酵師傅一人掌握，這對個人經驗技藝要求非常高。所以對于缺乏經驗的發酵師傅而言，很容易出現潮水比例掌握不好的情況，如果潮水過度，品飲時就會出現茶湯發酸的情況。
發酵程度較輕的熟茶。從發酵角度來看，熟茶發酸是一個階段性過程。比如，當整個發酵過程持續一個月時，發酵進行到第十五天的時候，這個階段的茶必然有酸味，由許多微生物發酵造成；等到后續十天的持續發酵之后，酸味又會褪去。
所以如果茶在第二十天時停止了發酵，酸性物質來不及分解，酸味就會停留，屬于輕發酵。這種輕發酵的熟茶，也可能出現酸味，但并不是所有輕發酵的茶都會出現明顯的酸味。
發酵時溫度過低，周期太長，達不到微生物發酵的需求溫度，也會出現酸味。在發酵過程中，溫度上不去，不容易熱，持續時間長，很容易造成輕發酵，酸性物質分解緩慢或來不及分解，就會造成茶湯微酸。
如果在發酵過程中出了問題，普洱茶出現了酸味，應該怎么消除呢？
一是靠“干倉”長時間自然存放，慢慢走失酸味。此種辦法歷時較長，一般需要3~5年才能消除酸味。
二是利用“濕倉”儲藏，使茶葉適當受潮，然后再行“干倉”存放，如此反復幾次，酸味亦能消除。這種辦法耗時較短，雖降低了普洱茶的“陳韻”，但能增進甜味，較適合家庭收藏愛好者“矯正”發酸普洱茶時使用。
三是進行二次渥堆發酵，其方式與常規普洱茶發酵相似，但水分宜少，茶葉含水量回潮到20％~25％即可。注意控制“渥堆”溫度，適當高溫有利于酸味的走失。此種辦法適合生產企業對大量發酸普洱茶進行補救處理。二次發酵的普洱茶，初期水味重，湯紅濃，呈紅褐色，味醇和欠厚，陳韻弱。但如將其存放到“干倉”環境，隨著存放時間延長，品質漸趨完善，亦能獲得優異品味。